Im Rahmen der Erstellung des Hochwasser-Aktionsplanes Werse wurden die potenziellen Hochwasserschäden abgeschätzt. Für die Erarbeitung wurden vom Staatlichen Umweltamt Münster die Abflüsse und Wasserspiegellagen der Werse berechnet. Diese sind die Grundlagen für die Bestimmung der Hochwasserbelastung überfluteter Gebäude.
Bei einem 100-jährlichen Hochwasser (HQ100), das im statistischen Mittel alle 100 Jahre einmal auftritt, sind an der Werse rund 560 Objekte durch Hochwasser betroffen. Die Schäden belaufen sich dabei auf rund 8,7 Mio. €. Bei einem Extremhochwasser, dessen Jährlichkeit mit HQ250 angesetzt wurde, verdoppelt sich die Anzahl der betroffenen Objekte und die Schadenssumme erhöht sich auf 19,2 Mio. €. Beim 20-jährlichen Ereignis sind im Oberlauf der Werse nur wenige Gebäude betroffen; im Mittel- und Unterlauf erhöht sich die Anzahl deutlich.
Die Hochwassergefährdung kann durch den Schadenserwartungswert ausgedrückt werden. Dieser beschreibt den mittleren jährlichen Schaden in €/Jahr und beträgt an der Werse auf der 67 km langen Fließstrecke 281.900 €/Jahr. Etwa 82 % der Schadensempfindlichkeit entfallen auf private Wohngebäude, alle übrigen Wirtschaftszweige sind von nachgeordneter Bedeutung. Betrachtet man die räumliche Verteilung, macht Ahlen rund 46 % der Hochwasserschadenspotenziale aus; dort ist das Wohnkapital mit 75 % der größte Schadensherd. Weitere 49 % der Hochwasserschadenspotenziale des Untersuchungsgebietes befinden sich in Münster. Dort spielt sich die Hochwassergefährdung im Wesentlichen in der Wersebebauung im Außenbereich sowie am Laerer Werseufer in Münster ab.